どちらもソーセジと言うこで、オーストリアのウイーン風か、ドイツのフランクフルト風かというだけの違いらしいです。がしかし、日本では、規格の違いで呼び名が変わると言うことらしいです。
ソーセージは挽き肉を塩と香辛料で調味し腸詰め（ケーシング）したあと湯煮や燻煙処理を行った加工食品だそうです。
ウィンナーは豚肉と牛肉を塩漬したものに香辛料を加えて練り合わせ、ケーシングに充てんした後、燻煙・ボイル（湯煮）したソーセージで、その名の通りオーストリアのウィーンが発祥とされる世界的にも最もポピュラーなソーセージらしいです。
ドライソーセージとして、牛肉や豚肉などをミンチして、味付してケーシングに詰めて、乾燥してしあげたものに、サラミやカルパスとに呼ばれているものがあるようです。
日本農林規格（JAS）では、
直径20mm未満＝ウィンナーソーセージ
20mm以上36mm未満＝フランクフルトソーセージ
36mm以上＝ボロニアソーセージ
と分類されているようです。
ちなみにウィンナーの事を地元・オーストリアではフランクフルターソーセージと言います。逆にフランクフルトではフランクのことをウィンナーと呼ぶそうです。
※ケーシング(Casing)はソーセージの表皮部分で、主に動物の腸を用いるほか、人工（コラーゲン、プラスチック、セルロース製）のものもあるそうです。