「御社（おんしゃ）」と「貴社（きしゃ）」の違いですが、話し言葉と書き言葉の違いだそうです。
一般的に、文書では「貴社（きしゃ）」と書くそうで、会話（口頭）では「御社（おんしゃ）」、銀行（信用金庫）の場合は「御行」（「御金庫」「御社」）となるようです。これは、「きしゃ」と口頭で言った場合、「記者」「帰社」「汽車」貴公」「機構」等、同音異義語が多く、混同され、誤解を招く場合があるかもしれず、紛らわしく曖昧な表現は失礼に当たるとされ、誤解を受けにくいように使い分けがなされるらしいです。
社会人の方には常識と言うことでも、就職活動中の学生の方などで、知らなかったと言う方は、覚えておいた方が良さそうですね。履歴書・エントリーシート・職務経歴書・添え状などでは、「貴社」。面接では、「御社」。
就職などされて、自分の働く会社のことは、「弊社（へいしゃ）」と言います。
基本的には、話し言葉は、「御」をつけ、書き言葉は、「貴」をつけるそうです。
その他、一例として、
銀行は、「御行」「貴行」
学校は、「御校」「貴校」
協同組合は、「御組合」「貴組合」
等となるようです。